Berawal dari kerinduan Ibu Dra. Sri Pudyastuti pada tahun 1997 mengenai generasi yang takut akan Tuhan sejak usia dini, beliau kemudian menyampaikan hal ini kepada Bpk. Pdt. Ir. Sutadi Rusli dan Ibu Fanny Rusli untuk membuka sebuah sekolah dengan nilai-nilai kebenaran dalam Alkitab. Kemudian Bpk. Pdt. Ir. Sutadi Rusli mengajak beberapa hamba Tuhan di kota Bogor seperti Bpk. Pdt. Benny S. Kohar, Bpk. Pdt. Sugita Christanto, Bpk. Bunan Djambek, Ibu Pdm. Agustina Harahap dan Ibu Pdp. Liana Mulyadi untuk bersama-sama dalam doa dan mendirikan sekolah yang kemudian pada tahun 1998 berdiri Taman Kanak-kanak (TK) Happy Holy Kids menempati sebuah ruko di Jl. Renawijaya No. 9, Vila Duta, Bogor.
Pada saat itu, Ibu Dra. Sri Pudyastuti mengajak Bpk. Pdt. Ir. Djarot Widjanarko dan Ibu Esther selaku pendiri dari Happy Holy Kids untuk mendukung dalam kurikulum serta memberikan pelatihan kepada guru yaitu Pak Irwansyah Wahyudi dan Ibu Djulianti Zefanya.
Pada tahun 1999, salah satu orangtua murid memberikan sebuah tempat di Taman Budaya Sentul untuk mendirikan TK Happy Holy Kids cabang kedua. Kemudian pada tahun berikutnya, Bpk. Pdt. Sugita Christanto pun memberikan rumahnya di Cibinong untuk didirikan TK Happy Holy Kids cabang ketiga.
Atas desakan orangtua murid TK di Bogor, Ibu Dra. Sri Pudyastuti dibantu oleh Bpk. Timotius Hariadi membuka Sekolah Dasar (SD) Amal Kasih Bogor pada tahun 2001. Pada tahun 2002 Ibu Dra. Sri Pudyasti bersama Ibu Dra. Paula Mamuaya merintis SD cabang kedua di Cibinong. Cabang TK Happy Holy Kids keempat dibuka di Jonggol atas permintaan dari Bpk. Pdm. Soewandono Widjaja dan diteruskan oleh Bpk. Pdt. Renthona Singarimbun hingga saat ini.
Memasuki tahun keempat SD Amal Kasih Bogor berdiri, Bpk. Pdp. Heri Priyanto, yang menggantikan Bpk. Pdt. Ir. Sutadi Rusli sebagai Ketua Yayasan, dan Ibu Heryanti Satyadi sebagai Pimpinan Penyelenggara Sekolah dan Ibu Thung Liana sebagai Kepala SD Amal Kasih Bogor saat itu, membantu dalam pengembangan SD Amal Kasih ini serta merekrut beberapa guru untuk menjadi tenaga pendidik dan dikarenakan keterbatasan tempat dan murid yang mencapai ratusan saat itu, SD Amal Kasih Bogor pindah menempati Grha Amal Kasih di Perumahan Danau Bogor Raya hingga saat ini.
Oleh karena penerimaan siswa meningkat dan permintaan dari orangtua siswa SD maka didirikanlah Sekolah Menengah Pertama (SMP) Amal Kasih Bogor di tahun 2008, Ibu Dr. Ir. Lilik Tri Indriyati, M.Sc turut membantu dalam perintisan SMP Amal Kasih Bogor dan juga SMP Amal Kasih Cibinong di tahun 2011.
Sekolah Amal Kasih saat ini sudah memiliki tingkat TK - SD - SMP yang ada di Bogor, Cibinong dan Jonggol dan Bpk. Pdt. Ir. Benny S. Kohar menggantikan Bpk. Pdp. Heri Priyanto (alm.) sebagai Ketua Yayasan Amal Kasih Sejahtera Bogor. Untuk tahun-tahun yang akan datang, Sekolah Amal Kasih bertekad untuk menjadi lebih baik dalam dunia pendidikan dan melahirkan generasi yang takut akan Tuhan serta memiliki gaya hidup doa, pujian dan penyembahan.