Sekolah Dasar Amal Kasih didirikan pada tahun 2000 dengan murid pertamanya sebanyak 6 siswa, menempati lokasi yang sama dengan TK Amal Kasih di Villa Duta Bogor. Pada tahun 2003 SD Amal Kasih menempati lokasi yang baru hingga saat ini yaitu di komplek Danau Bogor Raya.

Pada tahun ajaran 2008/2009, dibuka SMP Amal Kasih menempati lokasi yang sama dengan SD Amal Kasih. Angkatan pertama SMP ini dimulai dengan jumlah siswa sebanyak 8 orang.